Le Christianisme a été introduit au Japon en 1549 par un missionnaire jésuite, Saint François Xavier. C'était une époque de luttes intestines et de troubles et la nouvelle religion fut bien accueillie par ceux qui sentaient le besoin de nouveaux symboles spirituels, par ceux aussi, qui étaient attirés vers l'Occident par sa civilisation, ses armes à feu perfectionnées, son commerce. Mais, après l'unification de la nation, vers la fin du seizième siècle, les hommes qui s'étaient assuré l'hégémonie supprimèrent toute possibilité de nouveaux change ments. Redoutant les visées territoriales des nations occidentales et craignant que le Christianisme n'ait un effet destructeur sur l'ordre établi, ils décidèrent d'interdire la nouvelle religion.  

Vers le milieu du dix-neuvième siècle, les puissances occidentales contraignirent le Japon à mettre fin a l'isolement dans lequel il sétait volontairement cofiné et à tolérer le Christianisme, au nom de la liberté de religion. Des missionnaires catholiques français et des missionnaires protestants américains approtèrent à nouveau l'évangile chrétien sur les rivages japonais. 

Actuellement, les Eglises chrétiennes japonaises sont divisées en religions et en sectes, à l'image des Eglises soeurs d'Occident. Mais, au-dessus des divisions sectaires, les principales Eglises protestantes du Japon sont caractérisées par une certaine unité et il existe aussi des liens, depuis longtemps, entre l'Eglise catholique et les Eglises protestantes. Les Eglises chrétiennes du Japon ne sont plus des "églises de mission"; la plupart d'entre elles sont autonomes et ont leurs caractères propres