A l'origine, l'ensemble du Japon était couvert de forêts. Aujourd'hui encor, les deux tiers du territoire sont formés de vastes étendue boisées. C'est la conséquence de plusieurs influences:

Le bouddhisme a proscrit l'abattage des animaux et freiner l'élevage, Le culte shinto a décrété que les montagnes et les forêts étaient sacrées, les shoguns ont voulu préserver leurs terrains de chasse et empêcher l'érosion des sols. D'où cette admiration et le respect des japonais vis-à-vis de leurs forêts. Celles-ci sont constitués de conifères auxquelles se mêlent d'autres espèces variant selon les régions: feuillus toujours verts au sud et à l'ouest (chênes verts, camélias, magnolias ), chênes, hêtres, érables à Honshu et au sud de Hokkaido. Le pin rouge, utilisé pour la pâte à papier, se multiplie à la faveur du reboisement. Une centaine de variétés de bambous, géants ou nains, poussent sur tout l'archipel.

 Le Japon compte deux fois plus d'espèces d'arbres que l'ensemble de l'Europe. Certains arbres sont particulièrement recherché: le Ginkgo (voir photo), venu du fond des âges, pour l'ornement tet pôur ses fruits.

Le Sugi (cryptomère du japon), pour fabriquer les boîtes de cadeaux.Le Kiri (paulownia), pour les meubles.Le hinoki (cyprès du Japon ) pour lconstruire les maisons et les temples; et l'urushi ( famille des anacardiacées) dont la sève est utilisée pour produire la laque.

Les fleurs émerveillent également les Japonais: ils entrevoient la fin de l'hiver avec les fleurs de pruniers, puis avec les daphnées blanches. Ils fêtent le printempssous les fragiles fleurs de cerisiers (voir photo), puis ils admirent en avril les glycènes, les pivoines et les azalées, en juin les iris et en août les fleurs de lotus; enfin il célèbrent la fin de l'automne avec les chrysanthèmes, la fleur de la famille impériale.Le Japon continue d'héberger toutes sortes d'animaux sauvages. Hokkaido est le domaine des ours bruns, belettes, hermines, visons, grues tsuru, phoque ou morses... La région centrale (Chubu), Shikoku et Kyushu abritent sangliers, cerfs, renards, fouines, et ces blaireaux (tanuki) que les japonais adorent. Kyushu est fier de ses singes et de ses tortues géantes.Okinawa redoute le Habu, un serpent venimeux. La mer fournit aux habitants une grande partie des poissons qui constituent leur base de nourriture: dorade, maquereux, chinchards, mulets, sardines, et surtout le thon...